健康的腸道中約有10兆至100兆的腸道細菌。出生後，微生物逐漸進駐腸道，形成每個人獨特的腸道菌叢。近年來，許多研究發現，這些龐大的微生物群在維持人體恆定與健康上扮演著重要角色，並與人類形成共生關係。飲食、環境、抗生素使用或疾病等因素會導致腸道菌叢的動態變化，每個人的腸道菌相組成都不同，進而影響健康狀態。研究顯示，腸道菌與自體免疫疾病、代謝性疾病、惡性腫瘤及神經退化性疾病等密切相關。
一般而言，腸道菌叢多樣性越高，越能穩定菌叢之間的平衡。一旦這種平衡被破壞，發生菌相失衡（dysbiosis）時，有害細菌會增生，進而引發疾病或相關的發炎反應。腸道菌相失衡的典型例子是困難梭狀桿菌（Clostridium difficile）導致的偽膜性大腸炎。正常情況下，困難梭狀桿菌受到其他腸道菌的抑制，不會對人體造成影響。但若使用抗生素導致正常菌叢減少，困難梭狀桿菌可能大量增生並產生毒素，引起腸炎，嚴重時可能導致毒性巨結腸症，甚至致命。過去治療偽膜性大腸炎多針對困難梭狀桿菌給予抗生素，近來研究發現，利用微菌叢植入（Fecal microbiota transplantation，FMT）治療困難梭狀桿菌感染效果更佳。
微菌叢植入（俗稱糞菌移植）是將健康人的腸道菌叢植入患者腸道，以「調整」和「重建」其腸道菌叢。2013年，頂尖醫學期刊《新英格蘭醫學雜誌》（NEJM）的一項臨床試驗報告證實，應用糞菌移植治療反覆困難梭狀桿菌感染者，治癒率從傳統抗生素治療的三成大幅提升至九成以上。同年，美國食品藥物管理局（FDA）亦認可其療效，臺灣則於2018年9月依據《醫療法》第62條，將糞菌移植列入特管辦法，將其正式命名為「微菌叢植入」，有條件開放為常規醫療項目，由接受過相關訓練的胃腸科及感染科醫師團隊，在主管機管核可之教學醫院，治療反覆性或經常規治療無效的困難梭狀桿菌感染。
為保障病人安全，並非所有人都能成為糞便捐贈者。捐贈者需接受一連串篩選，包括填寫問卷（涵蓋個人身高、體重、病史、不正常飲食習慣、胃腸道症狀、用藥史等），以及進行血液及糞便篩檢，以確保無傳染疾病之虞。在生物安全第二等級微生物實驗室(BSL-2)，收集來的健康糞便與生理食鹽水充分混合，經均勻攪拌後過濾雜質，並以新鮮、冷凍或膠囊方式備存。醫師可透過內視鏡經鼻腸管、大腸鏡達近端大腸或乙狀結腸灌注、或經由灌腸方式給予，以達到症狀改善效果。
儘管效果顯著，作為新興醫療技術，微菌叢植入仍有潛在風險。微菌叢植入常經由大腸鏡或鼻腸管進行。雖然內視鏡檢查在一般狀況下非常安全，仍可能因此類病患常伴隨多種共病（如心肺功能不佳、血行動力學不穩定等）發生內視鏡相關併發症。此外，植入糞便中的病原體可能造成受贈者感染。儘管捐贈者需經篩檢，但任何檢查都有一定程度的偽陰性。2019年，美國曾發生兩起因微菌叢植入感染死亡的案例。由於目前健康菌群尚無確切判定標準，不同提供者或飲食差異都會使糞菌改變，而植入後對受贈者腸道菌及健康狀況的長期影響仍屬未知。早年因微菌叢植入他人腸道菌，未來是否可能致病，需長期追蹤才能釐清。為此，美國國立衛生研究院及美國胃腸醫學會於2016年發起了微菌叢植入患者長期追蹤計畫，希望能對微菌叢植入的安全性有更多了解。
微菌叢植入是一種新興且具有潛力的治療方式。微菌叢植入在治療復發或難治性困難梭狀桿菌感染方面，顯示出良好的療效及安全性。腸道菌非常複雜，雖然微菌叢植入對受贈者長期健康狀況的影響有待探討，但隨著科學界對腸道菌對健康影響的認識日益加深，肥胖、自閉症、糖尿病、帕金森氏症及多種癌症等疾病，將有機會通過微菌叢植入改變和調整腸道菌進行相關治療。