雖然近四十年來已有有效的疫苗與治療，慢性B型肝炎仍是全世界的重要公共衛生議題，據估計影響全球兩億五千萬人口。呼應世界衛生組織於2016年公布關於病毒性肝炎的全球健康策略: 目標在2016年至2030年將病毒性肝炎新感染人數減少 90%與死亡人數減少 65%，除了普及化新生兒疫苗注射外、改善診斷與治療照護的提供外，還須早日發展出完全治癒B型肝炎的治療策略。
在了解B型肝炎治療前，須先了解其病毒生活史。B型肝炎病毒進入人體後，如果沒有產生抗體而不幸變成帶原者之後，病毒會一直存在肝臟內，雖然病毒不會直接對肝臟造成傷害，不過會激發人體的免疫細胞去辨識肝細胞內之B型肝炎病毒，進而攻擊肝細胞引發肝炎。如果肝臟反覆發炎，有可能會進展成肝纖維化甚至肝硬化，因此慢性Ｂ型肝炎患者在急性發作時，應該接受治療以避免走上肝硬化、肝癌的不歸路。
現行B型肝炎的治療藥物，主要有兩類: 口服抗病毒藥物與長效型干擾素α。口服抗病毒藥物需長期使用，而長效型干擾素α治療期限為一年。不管是口服抗病毒藥物或是長效型干擾素α，達到B肝表面抗原(HBsAg)轉為陰性的機率都很低。口服抗病毒藥物的治療原理是直接抑制Ｂ型肝炎病毒的複製，包括干安能（Lamivudine）、喜必福（Telbivudine）、干適能（Adefovir）、貝樂克（Entecavir, Baraclude ®）、惠立妥（tenofovir disoproxil fumarate，簡稱TDF，Viread®）與韋立得(tenofovir alafenamide，簡稱TAF，Vemlidy®)。其中，干安能和干適能上市時間較早，抗藥性比例較高，目前已非第一線用藥；另外喜必福也有較高的病毒抗藥性發生比例。因此目前的第一線用藥為貝樂克（Entecavir, Baraclude ®）、惠立妥（TDF，Viread）與韋立得(TAF，Vemlidy)。
貝樂克 (Entecavir, Baraclude ®)
貝樂克需空腹使用，使用下較為不便。抗藥性的部分，據統計連續使用 6年，貝樂克抗藥性出現的機率約為 1.2%。此外，已產生干安能抗藥性的病人，發生貝樂克抗藥性的機會較高。
惠立妥 (tenofovir disoproxil fumarate，簡稱TDF，Viread®)
惠立妥不需空腹使用，使用上比貝樂克方便許多。孕婦使用上相對安全，且經長時間觀察，惠立妥幾乎沒有抗藥性問題；不過惠立妥具腎臟毒性，且會增加人體骨密度流失的機會，如果B型肝炎病人已有骨質疏鬆或腎功能不佳，要很小心使用。
韋立得 (tenofovir alafenamide，簡稱TAF，Vemlidy®)
韋立得是三個第一線口服抗病毒藥物中最新的一個，相當於惠立妥的進階版，作用機轉與惠立妥一樣，都是藉由抑制B型肝炎病毒複製，減少肝臟發炎機會。大部分藥物會直接進入肝臟，只有少量藥物會進入腎臟，所以能有效減少藥物造成腎病變的機率。此外其造成骨質流失的情況也較惠立妥少。
長效型干擾素α (Peginterferon-α, PEG-IFNa )
長效型干擾素α為皮下注射，用於治療B型肝炎已五十多年，不過其確切的治療機轉還不完全清楚。近來一些研究發現長效型干擾素α能影響B肝病毒的共價閉合環狀DNA（cccDNA）的穩定性，進而影響後續B肝病毒蛋白質的轉譯。此外，長效型干擾素α還具有免疫調節的功用，可以同時增強先天性與後天性免疫。臨床試驗顯示長效型干擾素α單一治療於一年後達到B肝表面抗原(HBsAg)轉為陰性的機率為 3-7%，治療後追蹤 3-5年B肝表面抗原(HBsAg)轉為陰性的機率增加為 8-14%，不過在非A基因型的B肝病毒感染，B肝表面抗原(HBsAg)陰轉率更低。而台灣的B型肝炎病毒的基因型為B型(約八成)或C型(約兩成)。
口服抗B肝病毒治療發展至今，已可控制疾病進展，減少肝硬化、肝癌的發生，不過現行的抗病毒藥物仍然只能抑制病毒，無法徹底消滅之。因此，目前的治療目標是達到功能性治癒(functional cure)，意思是經過一段時間的治療後，在血清中檢測不到B肝表面抗原(HBsAg)與HBV DNA。
B型肝炎的治療困難之處主要有幾個原因: B肝病毒的共價閉合環狀DNA（cccDNA）、嵌合的B肝病毒去氧核醣核酸(integrated HBV DNA)、與宿主先天性與後天性免疫失調。B肝病毒的共價閉合環狀DNA（cccDNA）能在肝臟細胞核內持續穩定存在，免於宿主的免疫攻擊，而現行藥物仍無法消滅cccDNA，致使B肝病毒不斷複製而無法根治。另外，嵌合的B肝病毒去氧核醣核酸也是治療B型肝炎的另一個難處。感染B肝病毒的肝細胞中，除了去除不了的B肝病毒共價閉合環狀DNA（cccDNA），在肝細胞的基因體內，還嵌入了B肝病毒去氧核醣核酸（integrated HBV DNA），integrated HBV DNA雖然沒辦法形成完整的B肝病毒序列，不像共價閉合環狀DNA (cccDNA)會一直複製出完整的B肝病毒顆粒，卻會不斷製造出B肝表面抗原（HBsAg），干擾B肝表面抗原(HBsAg)的清除。
再者，宿主的先天性與後天性免疫力失調也是治療B型肝炎的另一個障礙。B型肝炎病毒所製造出來亞病毒顆粒(subviral particles, SVPs)，其中含有的B肝表面抗原(HBsAg)，雖然因沒有形成完整的病毒顆粒而不具傳染力，但是會癱瘓人體的免疫能力。
由於現有的藥物能使B肝表面抗原(HBsAg)轉為陰性的比例很低，目前發展中的根治策略主要有針對病毒部分、針對宿主的免疫調節與直接針對B肝病毒共價閉合環狀DNA（cccDNA）。
針對病毒部分的有幾類: 例如Capsid assembly modulators (CAMs)為主要藉由抑制病毒外殼(capsid)的組成，以抑制B肝病毒的複製。另一種是藉由抑制HBV蛋白質的合成或轉譯，例如small-interfering RNAs (siRNAs) 與antisense oli- gonucleotides (ASOs)。還有藉由抑制B肝表面抗原分泌的Nucleic acid polymer (NAPs)，單一使用或是結合干擾素治療，不過仍需更多的臨床試驗證據。
針對宿主的免疫調節正在發展的像是checkpoint inhibitor、治療性疫苗、移轉基因編輯T細胞、活化先天性免疫、活化B細胞的免疫反應等等。同時結合多種治療機轉的治療方式也是治癒B型肝炎未來的方向。
目前許多針對多種機轉的治療方式研究發展中，期待在不久的將來，B型肝炎能夠完全治癒。