主要適用於癌症在接受放化療導致白血球低下的病人，或是接受骨髓移植、 器官移植有在服用免疫抑制藥物的人都需採用較嚴格的低微生物飲食，確保食物的新鮮、衛生以及安全。
首要應注意的是，避免生食及半熟食物，例如生魚片、生菜沙拉、涼拌豆腐、蜂蜜， 或者拉麵上沒有煮熟的溏心蛋、蔥花，三明治塗抹的美奶滋等，建議在購買外食時，直接向店家表明不要沒煮熟的食物， 或者乾脆不要加，另外也要特別注意現打果汁可能會因外皮的細菌汙染果汁，還有飲用水衛生及器具清潔的問題， 建議還是要避開。
第二件事要避免未完全殺菌及含菌類的食物，例如鮮奶、優格、優酪乳、乳酸菌、乳酸菌飲料、 生起司、霜淇淋、奶昔、奶油蛋糕上的鮮奶油，和未再經過加熱的火腿或燻鮭魚等等，另外也要注意發酵食品， 例如泡菜、豆腐乳和味噌醬。乳品類是一個很好的蛋白質來源，但是不能喝鮮奶， 因此建議選擇沒有調味且已殺菌過的保久乳或奶粉，而烤過的起司也是可以吃的，例如高溫烘焙的起司蛋糕或是焗烤。
飲用水方面，則是要避免飲用地下水、自來水、礦泉水及過濾水，這些都未經過完全的殺菌； 飲用水應該充分煮沸過後才可以喝。而挫冰和冰塊則是要注意飲用水的來源， 確認是使用煮沸過的水拿來製成冰塊也才符合衛生安全。
水果挑選方面，必須挑選可以去皮的水果，果皮可以保護果肉避免受傷或昆蟲啃食， 例如蘋果、奇異果、橘子、柳丁、香蕉、木瓜等，處理上則建議先將表皮以流動水清洗乾淨、削皮、切塊之後， 再用煮沸放涼的冷開水沖洗，避免碰到生水就可以吃了。而不能去皮或表面不平整的水果， 例如葡萄、番茄、網紋哈密瓜、鳳梨、芭樂、櫻桃、草莓、釋迦等則不建議食用。
為了確保食物的新鮮，烹調後的食物不適合在室溫放置太久，應盡速食用完畢且隔餐誤食， 建議依據食慾情況能吃多少量再準備多少量的食物。另外若有補充口服營養品，建議即開即飲， 或使用加蓋容器存放冰箱冷藏24小時內食用完畢。食品包裝方面，則建議挑選小包裝且完整密封包裝的食品， 確保一次吃完也不會因為大包裝反覆開封而造成汙染。
除了食品的新鮮度外，也要注意食品處理過程的乾淨與衛生，製備食物前、後及用餐前， 要用肥皂或洗手乳將雙手洗淨，烹調器具避免生熟食交叉汙染，且器具使用前、後要清洗乾淨，以避免細菌的孳生。
另外，生機飲食多以雜糧類、堅果及新鮮蔬果以生食方式打成蔬果汁來喝， 除了容易造成總熱量及蛋白質攝取不足外，也容易造成細菌汙染，所以要注意治療期間尤其是當免疫力下降時， 應該要避免生食或沒有完全煮熟的食物，減少感染的風險。
最後，在治療期間除了食品的新鮮衛生之外，也應該要攝取足夠的熱量和蛋白質， 當營養攝取足夠了，才能有助於整體醫療計畫的進行。
本文提供線上影片, 歡迎點選連結觀賞_低微生物飲食原則_影片